Bernerin tarina alkoi 126 vuotta sitten kun nuori, norjalainen Sören Berner saapui 1880-luvulla Helsinkiin tutkimaan 40 000 asukkaan kaupungin markkinoita. Hän päätti aloittaa liiketoiminnan Suomessa tuomalla silliä suoraan pyyntipaikalta Stavangerista Helsinkiin. Asiakassuhteiden laajentuessa Berner laajensi tukkukauppaa muilla kalatuotteilla. Ensimmäiset vehnäjauhotoimitukset Amerikasta synnyttivät agentuurikaupan. Suolan, rukiin, ohran ja kalatuotteiden ohella Berner toi maahan harvinaisempia herkkuja kuten marsipaania, lakritsia, rusinoita ja kahvia.
Maatalouden kehittyessä tuontia laajennettiin mm. lannoitteisiin. Berner tarjosi 1930-luvulla suomalaisille ensimmäisenä kasvinsuojeluaineita. Sotavuosien säännöstelyn vaikutukset näkyivät Suomessa pitkään. Berner vastasi kasvavaan kysyntään tuomalla mm. perunajauhoja, maissitärkkelystä, glyseriiniä ja lihasäilykkeitä. Myös eläinlääkintä tuli mukaan ja laajeni sittemmin seuraavilla vuosikymmenillä muihin sairaalatarvikkeisiin ja laboratoriolaitteisiin.
Berner vastasi sodanjälkeisen jälleenrakentamiseen 1950-luvulla hankkimalla mm. ensimmäiset kosmetiikkaedustukset. Yhtiön oma tuotanto käynnistyi teknokemian tehtaan myötä, ja laajeni 1960-luvulla hiustenhoidosta autojen tuonnin myötä autonhoitotuotteisiin. 1970-luvulla Berner vastasi kasvavaan vapaa-ajan kysyntään perustamalla Sport-osaston. Samalla vuosikymmenellä perustettiin myös elintarvikeosasto ja trukkiosasto.
1980-luvulla alkoi toiminta suurtalouksien siivousalalla, ja panostaminen sairaalalaitekauppaan jatkui. 1990-luvulla ostettiin Alkolta teknokemian (esim. Lasol) toiminnot ja Sareko Agro Oy:n liiketoiminnan oston myötä Berner kasvoi maan johtavaksi kasvinsuojelutaloksi. 1990-luvulla hankittiin tehtaineen myös Bergenheim Yhtiöiden liiketoiminta (Instrumentarium). 1990-luvun lopulla perustettiin tytäryhtiö (Berner Eesti Oü) Viroon, jonka toiminta myöhemmin laajeni Liettuaan ja Latviaan.
2000-luvun alussa ostettiin Heinävedeltä uusi, ajanmukainen teknokemian tehdas, johon siirrettiin Herttoniemen tehtaan tuotanto (mm. vesipohjaiset hygieniatuotteet). Ruotsista ostettiin kasvinsuojeluaineiden tukkuliike Gullviks, joka myöhemmin sulautui yhteen Bröderna Berner Handels Ab:n kanssa. Muita merkittäviä yrityskauppoja 2000-luvulla ovat olleet: Nokian Jalkineet, LV-herkän ihon tuotteet, Herbina-hygieniasarja, Rajamäen etikka liiketoiminta sekä Grow How liiketoiminta. Vuonna 2008 päätettiin keskittää yhtiön kaikki logistiikkatoiminnot yhteen, ajanmukaiseen logistiikkakeskukseen Vantaan Viinikkalaan. Logistiikkakeskus otettiin käyttöön 14.1.2009 .
Yhtiön toimitusjohtajana on vuodesta 1987 toiminut perustaja Sören Bernerin pojanpojanpoika George Berner. Tänä päivänä Berner on aikaansa seuraava monialakonserni, markkinoinnin ja myynnin erikoisosaaja, jonka toiminnan tavoitteena on pitkäjänteinen kumppanuus eri sidosryhmien kanssa.